臺北醫學大學學生會共有8個部門，分別是：公關部、社團體育部、活動部、
財務部、秘書部、學術部、學藝部、權益部。
公關部主掌學生會對外關係，社團體育部處理社團與體育事務處相關業務，
活動部主辦學生會發起之全校性活動，
財務部主理學生會經學生代表議會大會上通過之預算和決算，
秘書部為處理學生會內部行政事務之單位，學術部主辦全校性刊物，
學藝部主掌學生會美宣事宜與視覺設計，權益部為學生權益之申訴處理單位